2005-10-24:Diffusion publique de données #19
Les génotypes, fréquences et essais pour les phases I et II du projet HapMap sont maintenant disponibles pour [le téléchargement]. Les fichiers contiennent toutes les données pour les phases I et II combinées. Les sommaires des génotypes pour les SNPs de cette diffusion sont les suivants:
| Total QC+ SNPs |
3,901,408 |
3,903,524 |
3,902,623 |
3,806,920 |
| Total Genotyped SNPs |
5,894,684 |
5,812,990 |
5,812,990 |
5,857,466 |
2005-09-28: Diffusion publique de données #18
Les génotypes, les fréquences et les essais pour les chromosomes 2,6,11,14,15 et 21 ont été mis a jour et sont maintenant disponibles pour le [téléchargement]. Veuillez noter que cela représente les données complètes de la phase II de ces chromosomes pour les échantillons CEU et YRI. Ces donnees comprennent celles de la phase I et de la phase II combinées. Les sommaires des génotypes pour les SNPs de cette diffusion sont les suivants:
| Chr 2 |
527,434 |
354,069 |
354,069 |
527,707 |
| Chr 6 |
385,351 |
124,729 |
124,729 |
386,208 |
| Chr 11 |
295,079 |
52,669 |
52,669 |
293,444 |
| Chr 14 |
173,577 |
65,117 |
65,117 |
170,624 |
| Chr 15 |
149,378 |
41,399 |
41,399 |
147,373 |
| Chr 21 |
86,213 |
37,932 |
37,932 |
85,417 |
| Total |
1,617,032 |
675,915 |
675,915 |
1,610,773 |
2005-09-21:Séance d'instruction HapMap- Conférence annuelle ASHG 2005
Centre de Convention Salt Palace, Salle de Bal ABCD, jeudi 27 octobre, 6:30 pm - 8:30 pm.
Le Wellcome Trust et le NIH/NHGRI offrent une séance d'instruction sur l'utilisation efficace d'HapMap. Cette séance va inclure une introduction sur HapMap par le Dr. Aravinda Chakravarti (Université John Hopkins), l'utilisation d'HapMap pour les études d'association, la sélection de tag SNPs ainsi que l'amélioration de l'analyse de puces avec des SNPs pré-sélectionnés par le Dr. Mark Daly (Institut Broad) et un guide sur l'utilisation des pages Web par le Dr. Lincoln Stein (CSHL). Les autres présentateurs seront le Dr. Toshihiro Tanaka (RIKEN), le Dr. Michael Boehnke (Université du Michigan), et le Dr. Augustine Kong (deCODE), qui vont chacun donner une courte présentation sur les applications de HapMap.
L'inscription est limitée aux mille premières personnes. Vous devez vous inscrire pour cette séance au plus tard le 14 octobre 2005 afin d'y participer. Il n'y a pas de frais additionnels, mais les participants doivent être inscrits préalablement au congrès ASHG
Pour de plus amples détails et pour s'inscrire consultez http://www.capconcorp.com/hapmaptutorial.
2005-09-19: Sondage sur l'uilisation d'HapMap
Prenez un moment pour faire le Sondage sur l'uilisation d'HapMap qui va nous aider à améliorer le site afin qu'il comble vos attentes
2005-06-21: Diffusion publique de données #16c.1.
Ceci est le gel de données final pour la Phase I. Ces données seront utilisées pour l~analyse lors de la publication imminente (voir gel de données pour plus d'information).Veuillez noter le changement d'abréviation pour la population Han Chinoise de Beijing. La nouvelle abréviation est CHB. Voir Directives sur la dénomination des populations du projet HapMap pour plus d'information.
Le sommaire des SNPs génotypés est disponible :
| Genotyped SNPs |
1,105,072 |
1,088,689 |
1,088,426 |
1,076,451 |
2005-05-27: Diffusion imminente de données HapMap
Après avoir examine les genotypes de la Phase I de près, il a été déterminé
que certains SNPs avaient des genotypes de mauvaise qualité ou des génotypes
erronés. Une nouvelle diffusion est en préparation pour corriger ces
erreurs. Cette diffusion corrigée devrait être disponible la semaine
prochaine. En attendant, une description des erreurs et une liste des SNPs
affectés sont disponibles ici.
2005-03-01: Diffusion publique de données #16.
C'est maintenant le gel de données de la phase I qui marque une étape
importante du projet: un SNP commun génotypé à tous les 5Kb dans chacune
des populations étudiées. Les données sont disponibles pour le
téléchargement ici et pour survol graphique ici . Le sommaire des SNPs génotypés est disponible :
| Genotyped SNPs |
1,073,663 |
1,044,686 |
1,044,416 |
1,034,205 |
2005-02-18: Diffusion publique de données #15.
Des informations additionnelles sur les échantillons et les individus des
populations Chinoise Han, Japonaise et de Yoruba sont disponibles ici. Les génotypes sont disponibles pour téléchargement ici. Le
sommaire des SNPs génotypes est disponible ici:
| Genotyped SNPs |
1,050,307 |
1,015,490 |
1,015,226 |
1,003,169 |
-
2005-02-08: Nouvelles de HapMap Volume 1, 2004
Le premier d'une série de bulletins publié par l'Institut Coriell pour la Recherche Médicale vient d'être publié afin d'informer les communautés participant au projet HapMap de la façon dont leurs échantillons seront utilisés. Chaque bulletin sera disponible dans chacune des langues principales des communautés participantes.
2005-02-07: Le Consortium International HapMap élargit son effort de
cartographie
Le Consortium International HapMap dévoile un nouveau plan pour créer une
cartographie des variations génétiques encore plus puissante que celle
prévue à l'origine, et ceci grâce à un support additionnel de 3,3 millions
de dollars des secteurs public et privé. Cette carte va accélérer la
découverte de gènes reliés à des maladies courantes comme l'asthme, le
cancer, le diabète et les maladies cardiovasculaires.
-
2005-01-24: Interruption temporaire du réseau
À cause de l'entretien du réseau à Cold Spring Harbor Laboratories, le site
de HapMap (et les sites de production reliés) ne seront pas disponibles
entre 17h00- 22h00 (heure avancée de l'EST) le 25 janvier. Nous excusons des inconvénients.
2004-12-10: Il n'est plus nécessaire de signer une license pour avoir accès aux genotypes de HapMap.
Les utilisateurs sont priés de respecter les termes du data usage guidelines qui assure un accès gratuit et sans encombres aux données. Une
copie de la vieille license est disponible pour consultation.
2004-12-10: HapMap Conférence: Étude de la Génomique et HapMap,Université d'Oxford, Royaume-Uni: du 15 au 18 mars 2005
Nous invitons la participation et l'enregistrement à cette réunion et encourageons la soumission des résumés pour des affiches ou de courtes présentations.
La date limite pour soumettre un résumé est le 28 janvier 2005.
La date limite pour l’enregistrement et pour réserver un hébergement est le 25 février 2005.
Des instructions complètes pour la soumission de résumés et l'enregistrement, ainsi que plus de détails sur la conférence, peuvent être trouvés sur le site Web de la conférence, http://www.hapmap.org/oxford_conference/default.html.
2004-12-10: Diffusion publique de données #14.
Des informations additionnelles sur les échantillons et les individus des
populations Chinoise Han, Japonaise et de Yoruba sont disponibles ici. Les génotypes sont disponibles pour téléchargement ici. Le
sommaire des SNPs génotypes est disponible ici:
| Genotyped SNPs |
956,730 |
412,669 |
412,608 |
432,523 |
2004-11-23: La diffusion publique #13 de HapMap contient maintenant des
données sur toutes les populations de HapMap.
Des informations additionnelles sur les échantillons et les individus des
populations Chinoise Han, Japonaise et de Yoruba sont disponibles ici. Les génotypes sont disponibles pour téléchargement ici. Le
sommaire des SNPs génotypes est disponible ici:
| Genotyped SNPs |
856,726 |
386,323 |
386,274 |
406,783 |
2004-10-12: Nouvelle caractéristique du fureteur du génome
Le LD, l'hétérozygocité et la distribution des SNPs sont maintenant
disponibles. Trois propriétés du LD peuvent être visualisées: le score LOD,
D' et r2. Il est maintenant possible d'afficher ou non une vue générale des
données. Nouveau graphique pour représenter la fréquence allélique sur le
'Genotype SNP track'.
2004-10-12: Les protocoles utilisés dans le cadre du projet sont maintenant
disponibles
une nouvelle page de protocoles contient de l'information sur
le développement des essai, le processus de soumission des données ainsi que
les protocoles d'assurance et contrôle de qualité des données.
-
12-octobre-2004:
Diffusion publique de données #12
Les génotypes, fréquences et essais pour 752,208 SNPs (67,698,720
génotypes) sont diffusés pour
téléchargement et
furetaqe graphique.
-
Le 26 août 2004: De l'information additionnelle sur le projet HapMap est
maintenant disponible:
Qu'est-ce que la carte haplotype, L'origine des
haplotypes, Les bénéfices pour l'humain, Populations étudiées, Questions éthiques, et Politique de diffusion des données.
-
02-septembre-2004:
Diffusion publique de données #11
Les génotypes, fréquences et essais pour 693,255 SNPs (62,393,760
génotypes) sont diffusés pour
téléchargement et
furetaqe graphique.
-
Le 28 septembre 2004: Interruption temporaire du réseau
À cause de l'entretien du réseau à Cold Spring Harbor Laboratories, le site
de HapMap (et les sites de production reliés) ne seront pas disponibles
entre 22h00 (heure avancée de l'EDT) le 2 octobre, jusqu'à environ 6h00
(heure avancée de l'EDT) le 3 octobre. Nous nous excusons des inconvénients.
Le 16 Juillet 2004:
Diffusion publique de données #10
Les génotypes, fréquences et essais pour 661,094 SNPs (59,498,460
génotypes) sont diffusés pour
téléchargement et
furetaqe graphique.Dans cette diffusion publique, sont inclus les SNPs génotypés dans le cadre du projet HapMap ENCODE disponible ici. Voir page ENCODE pour un résumé des chiffres.
-
20-Juillet-2004:
Diffusion publique de données #9
Les génotypes, fréquences et essais pour 639,110 SNPs (57,519,900
génotypes) sont diffusés pour
téléchargement et
furetaqe graphique.
-
15-juin-2004:
Diffusion publique de données #8
Les génotypes, fréquences et essais pour 614,030 SNPs (55,262,700
génotypes) sont diffusés pour
téléchargement et
furetaqe graphique.
Le 27 mai 2004: Un article sur l'èthique dans le projet HapMap intitulè:
"Integrating ethics and science in the International HapMap Project" publiè dans Nature Reviews Genetics 2004 Jun;5(6):467-75
-
Le 26 mai 2004: Un site miroir HapMap maintenant disponible
Un site miroir japonais est maintenant disponible au http://hapmap.jst.go.jp, il est maintenu par l'Agence des Sciences et Technologies du Japon et accèlèrera l'accès aux usagers d'Asie et du Pacifique.
-
04-mai-2004:
Diffusion publique de données #7
Les génotypes, fréquences et essais pour 557,083 SNPs (50,137,470
génotypes) sont diffusés pour
téléchargement et
furetaqe graphique.
-
09-avril-2004:
Diffusion publique de données #6
Les génotypes, fréquences et essais pour 462,670 SNPs (41,640,300
génotypes) sont diffusés pour
téléchargement et
furetaqe graphique.
- Du 18 au 20 avril 2004: Rencontre de la communauté d'analyse du Projet International HapMap
Cette rencontre permettra de discuter l'analyse des
données et les problèmes méthodologiques pertinents au Projet International
HapMap. Ces discussions incluront différentes approches pour décrire le
déséquilibre de liaison, les propriétés du déséquilibre de liaison,
l'inférence des haplotypes, la fréquence des haplotypes et les méthodes d'utilisation de la carte haplotype pour des études d'association ou d'autres études
de maladies. La rencontre offrira une grande opportunité pour des chercheurs
de différents domaines (ceux impliqués directement dans le projet, et ceux
provenant d'une communauté plus large), de se réunir pour définir et
discuter des problèmes liés à la création de la ressource de la carte
haplotype.
Cette rencontre débutera avec des présentations et une réception à 18h le 18
avril, et se terminera au plus tard à 15h le 20 avril. Les hôtes sont
l'Institut McKusick-Nathans de l'Institut de Médecine Génétique de
l'Université Johns Hopkins et l'Institut National de Recherche sur le Génome
Humain (NHGRI). Pour plus de détails, pour vous inscrire ou pour soumettre
un résumé, visitez le site de la Rencontre de la communauté d'analyse du Projet International HapMap.
Les chercheurs intéressés à utiliser leurs méthodes sur les données
actuelles devraient utiliser les données figées du projet HapMap et d'un
échantillon plus dense (projet ENCODE), disponible au www.hapmap.org/genotypes/ENCODE/ .
-
09-mars-2004:
Diffusion publique de données #5
Les génotypes, fréquences et essais pour 369,784 SNPs (33,280,560
génotypes) sont diffusés pour
téléchargement et
furetaqe graphique.
-
06-février-2004:
Diffusion publique de données #4
Les génotypes, fréquences et essais pour 324,613 SNPs (29,215,170
génotypes) sont diffusés pour
téléchargement et
furetaqe graphique.
- 03 février 2004: Inscrivez-vous à notre liste d'envoi: "Annonces publiques à propos du projet
HapMap" en envoyant un courriel à announcements-request@listhost.hapmap.org
ou en remplissant le formulaire sur la page web.
-
07-janvier-2004:
Diffusion publique de données #3
Les génotypes, fréquences et essais pour 274,571 SNPs (24 000,000
génotypes) sont diffusés pour
téléchargement et
furetaqe graphique.
- 18 decembre 2003: article sur le projet international HapMap publié dans la revue
Nature
(voir PubMed).
- 16 decembre 2003: Diffusion publique de données #2!
Les génotypes tirés de 218 497 SNP, ainsi que les données des fréquences et des essais associés, sont prêtes à être téléchargées par le public et sont aussi disponibles pour furetage graphique. Attention : veuillez noter le changement dans le format des fichiers, voir le README pour plus de détails (le nouveau format des génotypes nécessite HaploView v. 2.03)
- 1er decembre 2003: Données soumises de plus de 237 000 SNPs produites et rendues publiques au dèbut de dècembre.
- 1er novembre 2003: Première grande diffusion publique de données !
Plus de 13 millions de génotypes tirés de 145 554 SNP, ainsi que les données des fréquences et des essais associés, sont prêtes à être téléchargées par le public. Consultez la section Données pour télécharger les données brutes ou la section Fureteur génomique pour parcourir des régions chromosomiques du génome à l'aide de graphiques.
- 1er octobre 2003:
Données de plus de 12 millions de génotypes produites, provenant de 137 964 SNP.
- 1er septembre 2003:
Données de plus de 11 millions de génotypes produites.
- 1er août 2003:
Données de plus de 10 millions de génotypes et 117 000 SNP produites.
- Juillet 2003: Contrôle de la qualité des SNP.
1 500 SNP sélectionnés pour le contrôle de la qualité sont soumis à une analyse.
- 1er juillet 2003: Submission progress
7.7 million genotypes have been submitted for analysis to the
HapMap Project as well as over 77,000 assays.
- 25 juin 2003: Allele frequencies submitted to dbSNP
- 1er juin 2003: Submission progress
We now have over 6 million genotype submissions and 65,000 assays.
- 27-28 mai 2003: International HapMap Meeting at CSHL
Two day meeting at Cold Spring Harbor Laboratory with representatives from all participanting groups.
- 1er mai 2003: Submission progress
3.8 million genotypes have been submitted to date and 40,000 assays.
- 21 mars 2003: Conceptual Web Site up
Dernières nouvelles
|